В Сан-Диего существуют два православные церкви: Храм Св. Пр. Иоанна Кронштадтского, который является приходом Сан-Францисской и Западно американской епархии Русской Православной Церкви Заграницей и церковь Николая Чудотворца, принадлежащую к Западной Епархии Американской Православной Церкви.
Храм. Св. Пр. Иоанна Кронштадтского был основан примерно в 1967 году и является одним из старейших его приходов. Деньги на покупку земли и дома были собраны несколькими прихожанами , в том числе князем Борисом Волконским. Приход не очень большой и существует за счёт пожертвований прихожан. Есть воскресная школа для детей. Служба ведётся на русском языке.
Церковь Николая Чудотворца была основана в 1940 году. При храме также действует воскресная школа, занятия в которой проходят в течение первой части литургии. Для взрослых ведутся катехизаторские занятия. Служба ведётся на английском языке.
